Pramen Lužnice se nachází v Rakousku pod horou Eichelberg v Novohradských horách. V půběhu toku překračuje naše hranice hned dvakrát, stáčí se do Čech, aby se po pár kilometrech vrátila do Rakouska a pak se znovu vrátila k nám. Pod Majdalenou se pak tok dělí na Starou a Novou řeku. Stará řeka je původní koryto, které meandruje kolem Třeboně a napájí rybník Rožmberk a pokračuje dál k Veselí n. Lužnicí. Nová řeka se odklání doprava a odvádí povodňovou vodu do Nežárky. Ve Veselí n. Lužnicí se do Lužnice vlévá Nežárka a řeka pokračuje přes řadu jezů rovinatou krajinou na sever k Soběslavi, Sezimovu Ústí a Táboru, kde stáčí na jihozápad, zvětšuje se spád a v korytu se objevují kameny a klidný tok ruší táhlé peřeje. Znovu se řeka uklidní až pod Bechyní a pak mizí ve vzdutí vodní nádrže Kořensko,kde se vlévá do Vltavy. Lužnice je sjízdná celoročeně, a to i za nejnižších stavů hladiny.